Za prvog zapovjednika, odnosno načelnika Glavnog stožera Armije RBiH izabran je general Sefer Halilović, koji je tu dužnost obnašao do 1993. godine. Njegovim zamjenicima imenovani su Jovan Divjak i Stjepan Šiber. Sjedište Glavnog stožera Armije RBiH bilo je u Sarajevu i predstavljalo je najviši autoritet u lancu zapovijedanja.
Što se tiče strukturalnog uređenja vojske, treba reći da je ona bila sastavljena od korpusa. Korpusi su formirani na regionalnoj osnovi.
-
- korpus: Sarajevo
-
- korpus: Tuzla
-
- korpus: Zenica
-
- korpus: Mostar
Izvor: Klix.ba